Desde Darwin até ao presente, os dados recolhidos por vários ramos da Biologia e da Geologia parecem confirmar o evolucionismo.
Argumentos de anatomia comparada
A anatomia comparada baseia-se no estudo comparado das formas e estruturas dos organismos com o fim de estabelecer possíveis relações de parentesco entre elas. Essas relações de parentesco ou filogenéticas são evidenciadas pela presença de órgãos homólogos, análogos e vestigiais.
Órgãos ou estruturas homólogas são órgãos com a mesma origem embriológica, estrutura básica e posição idêntica no organismo, mas que podem apresentar funções e aspectos diferentes. A sua existência explica-se por fenómenos de divergência, que significa que, à medida que os diferentes grupos se iam adaptando a diversos ambientes e nichos ecológicos, sofrendo pressões selectivas diferentes (como a selecção natural, mutação, deriva genética, etc), estes órgãos evoluíram de forma diferente a partir de uma estrutura ancestral comum, que depois passou a desempenhar funções diferentes. Isto reflecte uma evolução divergente. Exemplos disso são os membros anteriores dos Vertebrados.

Órgãos ou estruturas análogas são órgãos que têm origem embriológica, estrutura e posição relativa diferentes, desempenhando a mesma função e forma. Estes órgãos surgem quando espécies ancestrais diferentes colonizam habitats semelhantes, sofrendo pressões selectivas semelhantes, adquirindo adaptações semelhantes. Isto reflecte uma evolução convergente e um efeito adaptativo da selecção natural. Exemplos de órgãos análogos são os espinhos dos cactos e os das eufórbias.

Órgãos ou estruturas vestigiais são órgãos que resultam da atrofia de um órgão primitivamente desenvolvido. Nestes órgãos a selecção actua em sentido regressivo, privilegiando os indivíduos que possuem estes órgãos na sua forma menos desenvolvida. Exemplos destes órgãos no ser humano são: o apêndice intestinal, vértebras caudais, músculos auriculares e o dente do siso.A existência de estruturas vestigiais evidenciam que, ao contrário do que defendem os fixistas, os indivíduos de uma dada espécie não se mantiveram imutáveis, alterando-se ao longo do tempo, sendo seleccionados de acordo com as condições ambientais.

As descobertas de sequências de fósseis ilustram as modificações sofridas ao longo de um processo de evolução por determinados grupos (Ex: série de cavalo), ajudando a construir árvores filogenéticas.
Existem fósseis que possuem características que correspondem a dois grupos diferentes de organismos, sendo denominados de formas intermédias ou sintéticas. Um exemplo é o animal Archaeopteryx (figura ao lado) que apresenta caracteres comuns aos Répteis, dentes e escamas, e às Aves, penas e asas, o que sugere a existência de antepassados comuns para diferentes grupos de seres vivos.

As formas sintéticas também são chamadas de transição porque terão sido a transição de um grupo para outros grupos de organismos. Estas formas permitem documentar que os organismos que hoje se conhecem não são totalmente independentes uns dos outros quanto à origem.
A teoria celular defende que todos os seres vivos são constituídos por células. A célula é a unidade estrutura e funcional de todos os seres vivos, com vias metabólicas idênticas em seres vivos muito diferentes. Isto indica uma origem comum.
Argumentos biogeográficos
Defendem que as espécies tendem a ser mais semelhantes quanto maior é a sua proximidade geográfica. Quanto mais isoladas, maiores as diferenças entre si.

Argumentos embriológicos
O estudo comparado de embriões releva semelhanças nas primeiras etapas do seu desenvolvimento e estruturas comuns em embriões de diferentes grupos.

Argumentos bioquímicos
Nos últimos anos, os estudos de natureza bioquímica vieram dar um impulso notável à argumentação evolucionista, não só quantitativamente mas qualitativamente.
As provas bioquímicas apoiam a evolução na medida em que reforçam a ideia de origem comum dos diferentes grupos de seres vivos. Estes argumentos baseiam-se:
- No facto de todos os organismos serem basicamente constituídos pelo mesmo tipo de biomoléculas (proteínas, lípidos, glícidos, ácidos nucleicos);
- O facto do DNA e o RNA serem centrais no mecanismo global de produção de proteínas onde intervém um código genético universal;
- Universalidade do ATP como energia biológica utilizada pelas células;
- Existência de outras vias metabólicas comuns para além da síntese proteica como os processos respiratórios e modos de actuação das enzimas;
Ao estudarem-se as proteínas percebe-se que, quanto mais próximas evolutivamente se encontrarem as espécies mais semelhanças apresentam ao nível das proteínas. Este estudo também permite que se estabeleçam filogenias, onde se põe a hipótese de que a partir de uma molécula de DNA ancestral comum, por diferentes mutações, surgiram diferentes genes e, consequentemente, a sequência dos aminoácidos é diferente, originando diferentes moléculas.
Outra forma de estimar a proximidade entre espécies é analisando o DNA, através da hibridação do mesmo. Nesta técnica, misturam-se cadeias de DNA desenroladas de espécies diferentes e espera-se que ocorra o emparelhamento.

Outra forma de estabelecer um grau de parentesco entre diferentes grupos de animais são a partir de dados sorológicos que se baseiam-se nas reacções específicas entre antigenes e anticorpos, através da interpretação dos mecanismos de aglutinação.

Existem outros argumentos que apoiam o evolucionismo, como os parasitológicos, domesticação e selecção artificial, cariologia, classificação taxonómica, etc. Aqui foram estudados apenas os argumentos mais importantes.
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